Aeneas is de zoon van de liefdesgodin Venus (bij de Grieken heet ze Afrodite maar dit is een Romeins verhaal) en de sterveling Anchises. Hij helpt mee de stad Troje te verdedigen tijdens de Trojaanse oorlog en wordt wel één van de dapperste Trojaanse helden genoemd. Wanneer de stad tenslotte valt ontsnapt hij uit het brandende verwoeste Troje met zijn zoon Ascianus aan zijn hand en zijn oude vader, Anchises, op zijn rug. Zijn vrouw, Creusa, is hij verloren in het tumult. Aeneas en een aantal andere Trojanen besluiten het land te ontvluchten. Zodra de lente invalt vertreken ze met een vloot van 20 zeilschepen. Op zoek naar een betere toekomst zwerven ze als vluchtelingen over zee.
Venus vraagt bezorgd aan Jupiter (Zeus) wat er toch zal worden van haar zoon. Jupiter stelt Venus gerust: Aeneas zal trouwen in Italië en daar een koninkrijk stichten en zo zal hij de stamvader zal worden van de heersers van het machtige Romeinse Rijk.
Dit gaat echter niet zo makkelijk, Aeneas heeft namelijk een machtige vijand: de godin Juno(Hera), de echtgenote van Jupiter. Juno werkt Aeneas in alles tegen. Juno haat de Trojanen omdat de Trojaanse prins Paris haar niet als de mooiste godin koos.(zie het verhaal Paris kiest de mooiste). Maar Aeneas haat ze nog meer, vanwege de voorspelling dat hij de grondlegger zal zijn van een groot rijk.
Juno stelt alles in het werk om te voorkomen dat Aeneas op zijn eindbestemming aankomt. Ze belooft Aeolus, de god van de wind, een nimf om mee te trouwen als haar helpt. Aeolus laat een woeste storm opsteken waardoor Aeneas en de andere Trojanen schipbreuk lijden op de Libische kust, niet ver van Carthago. Aeneas overleeft de schipbreuk.
Dan probeert Juno Aeneas in Afrika te laten blijven. Ze zorgt dat hij in Carthago gaat wonen door hem verliefd te laten worden op de koningin van Carthago, de beeldschone Dido. Wanneer Aeneas en Dido samen jagen laat Juno plotseling een storm opsteken. Aeneas en Dido schuilen samen in een grot.Van het een komt het ander...ze worden al snel erg verliefd op elkaar en trouwen uiteindelijk. Aeneas wil in Carthago blijven en krijgt een belangrijke rol bij de bouw van de stad. Hij vergeet de voorspelling van Jupiter dat hij de grondlegger zou zijn van een groot rijk.
Jupiter stuurt Mercurius met een boodschap: Aeneas mag zich niet aan zijn plicht ontrekken, hij moet vertrekken om in Italië een dynastie te stichten. Aeneas moet kiezen: zijn hart volgen of zijn bestemming. Hij kiest voor het laatste.Hij gehoorzaamt de oppergod en neemt afscheid van zijn geliefde Dido. Zij is razend van woede en verdriet, bij het vertrek van Aeneas laat ze al zijn spullen op een grote stapel gooien en in brand steken. Zelf stort ze zich in zijn zwaard en laat zich op de brandstapel vallen.
Op zee is het opnieuw stormachtig: Juno probeert nogmaals Aeneas en de andere Trojanen te laten verdrinken door ze schipbreuk te laten leiden in een storm. Venus vraagt Poseidon, de god van de zee, haar zoon te helpen,. Gelukkig wil Poseidon de Trojanen helpen.Ze moeten dan wel één van hen, Palinurus de roerganger offeren, in zijn slaap valt hij van de boot.
Aeneas gaat uiteindelijk in Italië aan land. Hij bezoekt de onderwereld waar hij de doden ziet: zijn vader, Anchises, die hem zijn toekomst voorspelt en de hele geschiedenis van Rome. En ook zijn vroegere geliefde Dido, maar zij keert hem de rug toe, ze vergeeft hem zelfs nu niet dat hij haar heeft verlaten.
Hij komt veilig in de bewoonde wereld terug. De Trojanen vestigen zich aan de monding van de rivier de Tiber. Hij raakt bevriend met koning Latinus en wordt uitgehuwelijkt aan diens dochter, Lavinia. Lavinia was al beloofd aan de jaloerse Turnus. Opgejut door Juno trekt Turnus met zijn legers ten strijde tegen Aeneas. Een lange en bloedige periode van oorlog, de zogenaamde Italiaanse oorlogen, volgt. Tenslotte wint Aeneas door Turnus te doden in een man-tegen-man gevecht. Hij wordt uitgeroepen als overwinnaar en sticht de stad Lavinium.